Доктор биологических наук, профессор, лауреат Государственной премии Казахстана.
В августе 1959 г., после окончания биологического факультета Харьковского университета (Украина), приехал работать в заповедник Аксу-Джабаглы, имея опыт двух орнитологических экспедиций под руководством проф. И.Б. Волчанецкого – в горный Крым (1957) и на Западный Кавказ (1958). В заповеднике проработал в должности СНС и зам. директора по научной части до января 1967 г.
С января 1967 г. работает в Институте зоологии Казахстана, где более 20 лет руководит лабораторией (1980-1995 гг. – охраны диких животных, с 1995 г. – орнитологии). В первые годы (1967-1970) Анатолий Федорович вместе с И.Ф. Бородихиным, Э.И. Гавриловым и Э.Ф. Родионовым участвовал в создании первого в Казахстане орнитологического стационара по изучению миграций птиц на Чокпакском перевале, в разработке и апробации методик учета мигрантов, ставших в последующие годы общепризнанными во всем среднеазиатско-западносибирском регионе.
В.А. Ковшарь
А.Ф. Ковшарь и Э.И. Гаврилов «печатают» первые Казахстанские кольца для птиц (1970)